ATAC-seq

产品介绍常见问题经典案例结果展示


ATAC-seq ⸺ 研究开放染色质的最优选择

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是一种利用高通量雷竞技竞猜对转座酶易接近核染色质进行分析的方法。通过高活性的 Tn5 转座酶将雷竞技竞猜接头插入染色质的开放区域,然后通过雷竞技竞猜数据来推断染色质区域的可及性,并计算转录因子结合位点和核小体的区域位置。

周期短、范围广、特异性强

理论上最少只利用大约500个细胞就可以快速的得到调控的多维信息,比同类产品节省大约3到5个数量级的细胞;通过 Tn5 转座酶在切割 DNA 时加入接头序列,经过 PCR 扩增即可获得雷竞技竞猜文库,该过程数小时内即可完成;可以获得染色体在某个特定的时空条件下所有开放染色质区域,并不仅仅局限于某个转录因子的结合位点,或者某个特定的组蛋白修饰区域。具有“周期短、范围广、特异性强”的优势,已广泛应用于人、小鼠、猪、鸡、牛、扇贝、拟南芥等物种的研究。支持上门服务。

科学方案设计

从材料选取,建库雷竞技竞猜,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。

信息分析

诺禾致源 ATAC-seq 项目通过
转座酶对特定时空开放的核染
色质区域进行切割,获得该时
空下全雷竞技官网app组中所有活跃转录
的调控序列信息,分析转录因
子结合信息、核小体区域信
息、转录调控元件分布等。

ATAC-seq
分析内容
解决问题
标准分析
雷竞技竞猜数据质量评估
过滤掉低质量数据,保证数据质量
参考序列比对分析
唯一比对的 reads 分布统计
Peak calling
分析核小体及转录因子结合位点
Motif 分析
转录因子结合序列信息
Peak 峰相关雷竞技官网app注释
Peak 在雷竞技官网app组及功能区上的分布
差异 peak 分析
分析不同样本间差异 peak 峰
相关雷竞技官网app功能分析
Peak 相关雷竞技官网app GO, KEGG 富集分析
个性化分析、多组学关联分析需联系产品经理进行评估。

悦读高质量雷竞技竞猜数据,尽享 HPC 澎湃动力

ATAC-seq 采用先进的Illumina雷竞技竞猜平台,快速、高效地读取高质量的雷竞技竞猜数据。诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的雷竞技竞猜数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

出色完成每一个项目环节

诺禾致源已经成功完成对人、小鼠、猪、鸡、牛、鹿、扇贝、拟南芥、杨树、苹果、小麦、真菌等物种进行ATAC-seq分析,助力客户科学研究及发表文章。“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”,确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。